Trzy najpopularniejsze typy membran transferowych stosowanych do wykrywania transferu białek i kwasów nukleinowych to membrany nitrocelulozowe, membrany z polifluorku winylidenu (PVDF) i membrany nylonowe. Błony nitrocelulozowe są powszechnie stosowaną matrycą w blotach białek ze względu na ich wysokie powinowactwo wiązania białek i zgodność z różnymi metodami wykrywania. Zdolność wiązania białek membran nitrocelulozowych wynosi 80-100 µg/cm², a immobilizacja białek następuje głównie poprzez oddziaływania hydrofobowe. Membrany nitrocelulozowe są kruche i kruche, co ogranicza ich zastosowanie do usuwania i ponownego etykietowania.
Membrany z polifluorku winylidenu (PVDF) charakteryzują się wysokim powinowactwem wiązania zarówno z białkami, jak i kwasami nukleinowymi. Membrany PVDF są wysoce hydrofobowe i przed zanurzeniem w buforze transferowym należy-zwilżyć je wstępnie metanolem lub etanolem. Zdolność wiązania białek membran PVDF wynosi 170-200 µg/cm². W porównaniu z nitrocelulozą membrany PVDF są mniej kruche i kruche, mają lepszą wytrzymałość mechaniczną i stabilność chemiczną i nadają się do eksperymentów Western blotting wymagających etapów usuwania i ponownego znakowania. Ze względu na swoją hydrofobowość, membrany PVDF są preferowanym wyborem dla białek hydrofobowych.
Membrany nylonowe wiążą białka i kwasy nukleinowe poprzez oddziaływania jonowe, elektrostatyczne i hydrofobowe. Zdolność wiązania białek przez membrany nylonowe może osiągnąć 480 µg/cm². Membrany nylonowe wykazują wysoką trwałość, co zapewnia korzyści w eksperymentach Western blot wymagających procedur usuwania i ponownego znakowania. Istotną wadą stosowania membran nylonowych do zastosowań typu blotting jest możliwość nie-specyficznego wiązania z anionami.